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O método da fosfatase alcalina-antifosfatase alcalina (APAAP) tem três aplicações principais, isto é, serve para marcar tecidos com altos níveis de peroxidase endógena, para dupla imunomarcação aliada à peroxidase e para imunomarcação de tipos celulares específicos que se beneficiam da cor vermelha resultante da atividade enzimática sobre o substrato.
Quanto menor o tempo de fixação menor a formação de ligações cruzadas e, por isso, é preferível um menor tempo de fixação para o emprego de métodos imuno-histoquímicos, razão pela qual a fase pré-analítica é muito importante nesses métodos.