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O transporte entre o produtor e o biotério deve ser feito de maneira que a saúde e o bem-estar dos animais sejam preservados. Cada transporte deve ser cuidadosamente planejado, de modo a evitar temperaturas extremas, congestionamentos de trânsito, escolhendo ainda rotas menos distantes. Dentro da instituição, deve ser feito em gaiolas protegidas por filtros, dentro de contêineres apropriados, de modo a evitar que pessoas tenham contato com alérgenos presentes na urina, saliva, pelos e cama, assim como micro-organismos, substâncias químicas ou radiológicas inoculadas nos mesmos, ou o escape dos animais. A aclimatação do animal na área de experimentação deve ser observada. Visando determinar o tempo necessário para aclimatação de ratos ao novo ambiente, foram monitorados por rádiotelemetria os batimentos cardíacos, a temperatura do corpo e a atividade, através de transmissores implantados previamente, e o peso do animal, registrado antes e após o transporte. Os parâmetros se alteram significativamente, com exceção da temperatura. Há a necessidade de trinta dias para a aclimatação de ratos ao novo ambiente.
A biossegurança pode ser entendida como métodos de união de ações no que diz respeito à prevenção e à segurança da vida, na qual incluem-se procedimentos de armazenamento, esterilização, proteção individual e coletiva, normas para evitar acidentes. É um esforço individual de estudo e ações destinados a prevenir, controlar, reduzir ou eliminar riscos inerentes às atividades que possam comprometer a saúde humana, animal, vegetal e o meio ambiente.
Os recipientes para transporte interno devem ser constituídos de material rígido, lavável, impermeável, provido de tampa articulada ao próprio corpo do equipamento, cantos e bordas arredondados e serem identificados com o símbolo correspondente ao risco do resíduo neles contidos. Os recipientes com mais de 100 L de capacidade devem possuir válvula de dreno no fundo.
No biotério, o ambiente onde se encontra o animal é dividido em macro e microambiente, sendo a gaiola o divisor entre os dois. Atualmente, as gaiolas mais utilizadas são feitas de plástico, por serem mais baratas, mais leves, bastante duráveis e resistirem aos métodos de esterilização. O desenho das gaiolas deve ser tal que não permita “cantos vivos” em seu interior, já que os animais tendem a roer qualquer saliência para tentar escapar. No caso dos pequenos roedores, as gaiolas seguem o desenho retangular e são fechadas por cima com uma “tampa” de aço inoxidável, que permite a acomodação da ração peletizada e do frasco bebedouro. As tampas são muito importantes, porém restringem a ventilação, o que nos leva a considerar, cuidadosamente, a adoção de campânulas ou filtros por cima das gaiolas, uma vez que isso aumenta o nível de amônia em seu interior. O ideal é que tenhamos um sistema de ventilação forçada para dentro das gaiolas.
Em animais de laboratório, a encefalomielite de THEILER é causada por um protozoário intracelular obrigatório, importante em estudos envolvendo passagem de material biológico de camundongo para camundongo. Tem como hospedeiros o coelho, o camundongo, o rato, o hamster, o cão, primatas não humanos e outros mamíferos, sendo o coelho considerado a principal fonte de infecção. O parasita é eliminado na urina e a infecção ocorre por via oral (transmissão horizontal). No coelho, ocorre também a transmissão vertical. Essas infecções são geralmente inaparentes e a lesão clássica é uma meningoencefalite granulomatosa multifocal, com o centro necrótico ocupado pelo parasita, que também pode estar presente no epitélio tubular renal. O diagnóstico é sorológico e suficiente para selecionar animais livres da infecção e para controlar a doença em camundongos e ratos.