Na fase assintomática, o volume globular volta à normalidade, ou fica bem próximo, e os microrganismos tendem a não ser mais vistos em esfregaços sanguíneos. Embora seja rara, a recidiva da doença pode ocorrer, em situações estressantes.

A fase pré-parasitária, ocorre após o organismo do animal já ter sido exposto ao microrganismo, mas antes que este comece a se reproduzir. Esta fase pode durar de duas a três semanas. Os sinais clínicos podem começar logo após esse período, no entanto, alguns animais podem ser assintomáticos ou demorar até seis semanas para apresentar algum sinal clínico.

A fase de recuperação, compreende o período em que os sinais clínicos são evidenciados, nesta fase a gravidade e intensidade dos sinais dependem da presença dos fatores de risco e também se o animal é esplenectomisado ou não. Pode variar de uma anemia não significativa até uma anemia hemolítica grave, nesta fase, os parasitas estão presentes no sangue circulante.

A fase aguda, os gatos não apresentam sinais clínicos, mas são portadores do microrganismo, podendo permanecer neste estado por meses ou anos após o fim do tratamento. Nesta fase a relação parasito-hospedeiro parece estar em equilíbrio, onde a replicação do microrganismo é equilibrada por sua fagocitose e eliminação do organismo.