Uma das complicações comuns em indivíduos na fase ativa da doença inflamatória intestinal é a presença de desnutrição e deficiência de micronutrientes. Recomenda se para indivíduos com Dll o uso de arginina e glutamina na dieta, por serem ativadoras potentes de células polimorfonucleares e células T, o que promove melhora da resposta imunológica nesses indivíduos.

A absorção do ácido fólico é prejudicada nos indivíduos com DII durante a terapia com sulfassalazina devido as interações entre fármaco e nutriente.

O consumo de fibras solúveis, além de promover aumento da massa e do volume fecal, acelera o trânsito intestinal, contribuindo para a redução da constipação intestinal comum nesses indivíduos.

Em pacientes com alta atividade da doença de Crohn, o tratamento com corticosteroide frequentemente aumenta o risco de deficiência de vitamina D, cálcio e menor densidade óssea.