A parafimose pode ser congênita ou adquirida e ocorre quando o pênis protrai além da bainha prepucial, sem possibilidade de retorno à sua posição anatômica normal. Entre as causas congênitas estão um orifício prepucial estreito ou um prepúcio anormalmente curto. Em casos mais graves, o tratamento pode exigir amputação parcial do pênis.  

A fimose pode ser congênita ou adquirida e caracteriza-se pela impossibilidade de expor a glande além do orifício prepucial. A forma congênita costuma vir acompanhada de prepúcio distendido e dificuldade para urinar normalmente. A falopexia é uma técnica cirúrgica alternativa utilizada no tratamento da fimose congênita. 

Hipospadia é uma rara anomalia de desenvolvimento da genitália externa do macho e é encontrada mais frequentemente em Boston terrier. Consiste na falha de fusão das dobras urogenitais e formação incompleta da uretra peniana. Geralmente está associada com falha na fusão do prepúcio e subdesenvolvimento do pênis.  

A fístula retovaginal é uma malformação congênita frequentemente associada à atresia anal. O reto estabelece uma comunicação anômala com a vagina, fazendo com que a vulva funcione como um orifício comum aos tratos urogenital e gastrointestinal. A correção cirúrgica é, em geral, relativamente simples, e complicações são pouco frequentes.

A atresia anal é uma anomalia congênita classificada em quatro tipos anatômicos. No Tipo I, observa-se estenose congênita do ânus, enquanto os Tipos II, III e IV envolvem diversos graus de agenesia retal, frequentemente associados às anormalidades anorretais. O megacólon pode estar presente no momento do diagnóstico e a incontinência fecal pode ocorrer como complicação temporária ou permanente após o tratamento cirúrgico. A realização de colectomia nesses animais, no entanto, não é indicada.