A redução de organismos patogênicos e seus indicadores é bastante significativa nos processos secundários de tratamento de esgotos, principalmente por lodos ativados.

A cloração tem sido a principal forma de desinfecção executada ao final nas estações de tratamento de esgotos, devido a sua facilidade operacional, garantia de residual desinfetante e ausência de efeitos secundários.

O tempo de contato do cloro com o esgoto sanitário é o fator exclusivo que afeta o processo de desinfecção.

A radiação ultravioleta é um método físico, vantajoso por sua eficiência e simplicidade, e que não requer qualquer adição de substância química ou aditivos, embora não garanta qualquer residual desinfetante.

O ozônio é gerado no local da aplicação pela passagem de massa de ar com alto teor de oxigênio e tem potencialidade desinfetante que se aplica a qualquer tipo de sólidos em suspensão no efluente.