A estrutura organizacional da Secretaria de Saúde do Tocantins é composta pela administração direta, representada pelas diretorias e coordenadorias centrais, e pela administração indireta, que inclui fundações públicas e autarquias responsáveis por atividades específicas, como a gestão de hospitais universitários e a vigilância sanitária. Essa organização visa a descentralização de atividades e a especialização na prestação de serviços à população.