A evolução dos modelos atômicos, desde a concepção indivisível de Dalton até os modelos mais complexos que incorporaram a descoberta de partículas subatômicas, demonstra a aplicação da metodologia científica, onde cada nova teoria se baseia em experimentos e observações que refutam ou aprimoram as propostas anteriores, como a descoberta do elétron por Thomson e do núcleo atômico por Rutherford.