No sistema processual brasileiro, considerando que o magistrado não pode participar de processo em que se tenha manifestado anteriormente, é defeso a ministro de tribunal superior ser relator de ação penal originária em que tenha presidido o antecedente IP.

É possível que o magistrado, em busca da verdade real, determine diligências em IP, mesmo na situação de crime de ação penal pública incondicionada em que o membro do MP já tenha pugnado pelo arquivamento dos autos.

Não é possível que autoridade policial, de ofício, investigue e indicie pessoa com foro especial, sem a devida supervisão de magistrado naturalmente competente para julgar tal detentor de prerrogativa funcional.

De acordo com a posição do STF, a decisão de arquivamento de IP, em razão de atipicidade, uma vez preclusa, gera coisa julgada material, impedindo a reabertura da causa pelo mesmo fato, salvo se o juiz prolator da decisão for absolutamente incompetente.

De acordo com a opinião sumulada do STJ, a participação de membro do MP na fase investigatória criminal acarreta o seu impedimento ou suspeição para o oferecimento da denúncia.