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O uso sistêmico de antibióticos é de grande importância no tratamento das doenças periodontais crônicas porque pode suprimir alguns patógenos presentes no nível subgengival; no tratamento de raspagem e alisamento radicular, por exemplo, combinado ou não com cirurgia, os pacientes alérgicos à penicilina devem ser tratados com a administração de doxiciclina por catorze dias.