O controle interno da União e da Administração indireta envolve fiscalização contábil, financeira, operacional e patrimonial, mas não diz respeito à matéria orçamentária, porque o controle da execução do orçamento é matéria de competência da Comissão Mista de Orçamento.

Como não envolve gastos públicos, o controle interno sobre a renúncia de receitas por parte da União e da Administração indireta não é da competência do Tribunal de Contas da União.

Nos termos da Constituição Federal brasileira, o controle externo da União e da Administração indireta correspondente está a cargo do Congresso Nacional, que o exerce com o auxílio do Tribunal de Contas da União.

O Tribunal de Contas da União julga também as contas prestadas anualmente pelos membros do Supremo Tribunal Federal.

Na órbita federal, o Tribunal de Contas da União aprecia a legalidade dos atos de admissão de pessoal, inclusive as nomeações para cargo de provimento em comissão.