Algumas das melhores práticas de integração de sistemas são denominadas Enterprise Integration Patterns (EAI). Os procedimentos e ferramentas de EAI viabilizam a interação entre sistemas corporativos heterogêneos por meio da utilização de serviços.

Os padrões EAI permitem que um arquiteto ou desenvolvedor escolha as estratégias mais eficientes de integração de sistemas Java com outros sistemas e produza soluções mais econômicas.

Em projetos de integração de sistemas é recomendável coletar os requisitos arquiteturais de interoperabilidade e desenvolver soluções independentes de tecnologia para cada requisito arquitetural coletado.

Em projetos de integração de sistemas que utiliza Java é recomendável estudar as tecnologias mais adequadas para cada requisito arquitetural, implementar os cenários com as tecnologias escolhidas e testar as soluções em ambiente de homologação.

Para implementar um projeto de integração de sistemas é recomendável conhecer os requisitos funcionais de interoperabilidade, entretanto, os protocolos e requisitos não funcionais não precisam ser analisados, pois não interferem no funcionamento das aplicações.