Esta recebeu o nome de Comarca de São João das Duas Palmas, assim como chamaria a vila que, na confluência do Araguaia no Tocantins se mandaria criar com este mesmo nome para ser sua sede. Para nela servir, foi nomeado o desembargador Joaquim Theotônio Segurado como seu ouvidor.

A nova comarca compreendia os julgados de Porto Real, Natividade, Conceição, Arraias, São Félix, Cavalcante, Traíras e Flores. O arraial de Aparecida do Rio Negro, que já tinha sido cabeça de julgado, perde essa condição, que foi transferida para Porto Real, ponto que começava a prosperar com a navegação do Tocantins. Enquanto se fundava a vila de São João das Duas Palmas, Natividade seria a sede da ouvidoria. A função primeira de Theotônio Segurado era designar o local onde deveria ser fundada essa vila.

O 18 de março foi, oficialmente, considerado o Dia da Autonomia pela Lei n.º 960 de 17 de março de 1988, por ser a data da criação da Comarca do Norte, estabelecida como marco inicial da luta pela emancipação da província.

Para facilitar a administração, a aplicação da justiça e, principalmente, incentivar o povoamento e o desenvolvimento da navegação dos rios Tocantins e Araguaia, o Alvará de 18 de março de 1809 dividiu a Capitania de Goiás em duas comarcas (regiões): a Comarca do Sul e a Comarca do Norte.

A vila de São João das Duas Palmas recebeu o título de vila, mas nunca chegou a ser construída. Theotônio Segurado, administrador da Comarca do Norte, muito trabalhou para o desenvolvimento da navegação do Tocantins e do Araguaia e o incremento do comércio com o Pará. Assumiu posição de liderança como grande defensor dos interesses regionais e, tão logo se mostrou oportuno, não hesitou em reivindicar legalmente a autonomia político-administrativa da região, indo assim contra os ideais da coroa portuguesa.