A ação penal secundária está relacionada às hipóteses em que a lei estabelece que a apuração do crime será feita por meio de uma determinada modalidade de ação penal, prevendo, contudo, secundariamente, diante do surgimento de circunstâncias especiais, uma nova espécie de ação para aquela mesma infração. É o que se dá por exemplo, com o crime de exercício arbitrário das próprias razões.

A ação penal deve vir acompanhada de justa causa, que é o lastro probatório mínimo de que houve a prática de um crime. Em determinados crimes, por exemplo, como na lavagem de dinheiro e na receptação, é preciso que se demonstre uma justa causa duplicada.

Há doutrina que entende que nos casos de incidente de deslocamento de competência (IDC ± CF, art.109, V-A c/c § 5ª), na hipótese de haver ação penal em curso perante a Justiça Estadual e sendo deferido o deslocamento da competência para a Justiça Federal, haveria uma ação penal pública subsidiaria da pública.

A narrativa da denúncia, na hipótese de crimes praticados em concurso de pessoas, deve descrever, sempre que possível, de maneira individualizada, a conduta de cada um dos agentes, sob pena de inépcia. Nessa linha, a jurisprudência dominante do STJ, nos casos de crimes societários e de autoria coletiva, tem admitido a denúncia geral ou genérica.