A utilização de genes de seleção associados ao gene de interesse a ser incorporado nas células vegetais tornou-se imprescindível já que eles possibilitam a seleção das células que de fato incorporaram o gene preterido. O princípio do uso dos genes de seleção é baseado na capacidade de estes conferirem uma característica adequada a um processo de seleção artificial. Esses marcadores na maioria das vezes são genes que conferem resistência a antibióticos ou herbicidas. Entre os genes que conferem resistência a herbicidas, destaca-se: