O início rápido da indução e a recuperação rápida depois da retirada do agente indutor, em conjunto com o potencial de indução seletiva de uma ou mais isoenzimas CYP, contribuem para a natureza traiçoeira dos problemas clínicos que a indução representa.

Os problemas clínicos derivados das interações medicamentosas causadas por indução enzimática são muito variados e incluem hemorragia devido à incapacidade de reconhecer a necessidade de aumentar a dosagem de varfarina quando a indução abranda após a descontinuação de um agente indutor.

Uma vez que o agente indutor enzimático é muitas vezes também um substrato para as enzimas induzidas, o processo pode resultar em uma tolerância lentamente desenvolvida.

A indução enzimática, especialmente das enzimas CYP, reduz o metabolismo e, consequentemente, aumenta a ação de outros fármacos inativados pelas enzimas.