Os Secretários Municipais são considerados, para todos os efeitos legais, como ocupantes de cargo comissionado, classificados na espécie agente político, sendo, em regra, remunerados exclusivamente por subsídio, fixado em parcela única, por lei especifica, vedado o acréscimo de qualquer gratificação, adicional, abono, prêmio, verba de representação ou outra espécie remuneratória, excluído o pagamento de Gratificação Natalina e um terço de férias.

O valor fixado para os subsídios dos Secretários, bem como dos demais agentes políticos, não poderá exceder em nenhuma hipótese o subsídio mensal estabelecido para o Prefeito Municipal.

Aos agentes políticos será assegurado gozo de período de férias anuais de trinta dias, observado o Art.166 do Estatuto dos Servidores.

Caso o servidor ocupante do cargo de provimento efetivo no Município seja nomeado para o cargo de Secretário Municipal, para sua remuneração, poderá optar pela definida para o cargo comissionado, acrescida dos quinquênios: férias e gratificação natalina, ou seus vencimentos originários acrescidos de gratificação correspondente a cinquenta por cento do valor pecuniário definido para o cargo comissionado.

Os Secretários municipais não farão jus ao recebimento de diárias, dada a natureza técnica da atividade.