O Windows pode ser acessado em nuvem por meio de recursos como Skydriver e Azure. No entanto, o Linux, por possuir kernel único, não pode ser disponibilizado em nuvem na forma de IaaS.

Considere, em uma mesma rede de computadores, duas máquinas, X e Y, em que foram configurados, respectivamente, os sistemas operacionais Linux Ubuntu 12 e Windows 7. Assim sendo, é correto afirmar que, mesmo com permissão de acesso, Y não poderá gravar arquivos em X devido às restrições de segurança do Linux. No entanto, X conseguirá gravar arquivos em Y, pois o Windows, nativamente, é configurado com permissão de acesso de escrita.

O Linux possui camada de segurança que protege seu kernel, o que torna possível gerenciar a permissão de acesso em arquivos e diretórios por grupo ou por usuário. Do mesmo modo, no Windows, pode-se configurar o acesso à permissão em arquivos, porém não é possível configurar acesso por grupos de usuário ou para bibliotecas.

Ambos os sistemas operacionais permitem localizar arquivos tanto por nome quanto por conteúdo. No entanto, no Linux, essa tarefa é restrita ao super usuário (root).

Ambos os sistemas operacionais possuem gerenciadores de janelas. No Windows, o gerenciador é nativo e pode ser customizado. No Linux, é possível a escolha de um gerenciador específico, como KDE ou Gnome.