Após a expulsão dos holandeses e a reorganização administrativa do território, Sergipe passou por transformações significativas em sua estrutura política e territorial. Em 1696, o território sergipano deixou de ser uma capitania e foi elevado à condição de comarca, um status que refletia uma nova organização administrativa sob o domínio português. Essa mudança implicou em alterações na sua relação com outras províncias e na sua autonomia.