O Código Penal Militar prevê penas principais, como a reclusão e a detenção, e penas acessórias, como a perda do posto e da patente para oficiais e a expulsão para praças. A aplicação dessas penas, especialmente em casos de crimes militares em tempo de guerra, deve observar os princípios da proporcionalidade e da individualização da pena, considerando as circunstâncias judiciais e as agravantes e atenuantes previstas em lei.