Na fluoretação da água destinada ao abastecimento público, o objetivo primordial é a desinfecção, visando a inativação de microrganismos patogênicos e indicadores, sendo que a adição de flúor à água é realizada com o intuito de prevenir a cárie dentária, enquanto a eliminação de microrganismos é responsabilidade de outros processos como a cloração.