A administração municipal de Meruoca, em sua estrutura atual, é composta pelo Prefeito, o Vice-Prefeito e um secretariado, cujos membros são nomeados pelo Prefeito para gerir as diversas pastas, como Saúde, Educação, Infraestrutura e Finanças, com a Câmara Municipal exercendo o poder legislativo e a fiscalização dos atos do executivo.