A organização administrativa do Município de Nova Mutum é regida pela Lei Orgânica, que dispõe sobre a estrutura dos poderes e as competências de cada um. A autonomia municipal é um princípio basilar, permitindo ao ente local legislar sobre assuntos de interesse local e organizar seus serviços. Nesse sentido, a Lei Orgânica estabelece os limites e as formas de exercício dessa autonomia.