No PEPS, o custo da mercadoria vendida é atribuído ao preço de compra mais antigo, enquanto no UEPS são as últimas mercadorias adquiridas que valorizam as vendas.

O UEPS é mais eficaz para o controle físico do estoque, enquanto o PEPS é melhor para a contabilidade devido à sua ordem cronológica.

O PEPS é considerado um método alternativo de mensuração do estoque, enquanto o UEPS é exigido pela Receita Federal na demonstração dos resultados de exercícios.

O PEPS é preferível para produtos perecíveis, enquanto o UEPS não é autorizado pelo governo devido ao seu impacto na inflação.