O farmacêutico poderá realizar a prescrição de medicamentos e outros produtos com finalidade terapêutica, cuja dispensação não exija prescrição médica, incluindo medicamentos industrializados e preparações magistrais – alopáticos ou dinamizados – plantas medicinais, drogas vegetais e outras categorias ou relações de medicamentos que venham a ser aprovadas pelo órgão sanitário federal para prescrição do farmacêutico. 

A prescrição de medicamentos, no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS), deve ser necessariamente pelo nome comercial ou marca, quando esses apresentarem tarja vermelha ou preta, os medicamentos sem tarja devem ser prescritos em conformidade com a Denominação Comum Brasileira (DCB) ou, em sua falta, com a Denominação Comum Internacional (DCI).

É vedado ao farmacêutico prescrever medicamentos cuja dispensação exija prescrição médica, mesmo quando tenha a existência de diagnóstico prévio. Protocolos, diretrizes ou normas técnicas para uso no âmbito de instituições de saúde não podem prever a prescrição desses medicamentos por farmacêuticos.

É permitido ao farmacêutico modificar a prescrição de medicamentos do paciente, emitida por outro prescritor, salvo quando estiver explícita pelo prescritor que não é permitido alteração da medicação, neste caso a justificativa correspondente, deverá acompanhar a prescrição.