Os microorganismos são os vírus, fungos, bactérias, algas unicelulares e algumas estruturas parasitárias, como os ovos e cistos. Eles podem ser encontrados em todos os ambientes, incluindo o solo, a água, o ar e os seres vivos, incluindo humanos e animais. Patógenos entéricos como a Shigella e Salmonella são facilmente diferenciados dos gram negativos da microbiota normal intestinal por falharem na: