A avaliação clínica, ou instrumental clínico, se refere à abordagem individual que se concretiza mediante a abordagem clínica à qual cada trabalhador deve ser submetido. A abordagem clínica deve incluir anamnese ocupacional, exame físico e mental.

A anamnese tem foco no histórico laboral do trabalhador.

Anamnese ocupacional é a conversa/entrevista que ocorre entre o médico e o paciente durante a consulta, a partir da qual o médico espera obter informações para uma avaliação e posterior diagnóstico de algum problema/doença que acomete o paciente.

Para um melhor diagnóstico sobre a aptidão do trabalhador, é importante que o médico se informe sobre a organização do trabalho na atividade realizada pelo trabalhador: jornada, ritmo de trabalho e produtividade, grau de autonomia e controle do trabalhador sobre o modo operatório, mecanismos de controle de metas individuais etc.