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Os exames de imuno-histoquímica possuem larga utilização no diagnóstico de doenças graves, como no caso
da tuberculose, em que testes negativos para o antígeno bacilar no tecido conjuntivo fibroso das lesões são parâmetros para a suspensão do tratamento
de pessoas convivendo com o vírus do HIV, que podem ser consideradas não transmissoras quando há negatividade no teste histoquímico da proteína capsular em linfócitos CD4.
no diabetes mellitus tipo I, cujo diagnóstico conclusivo se faz pela identificação do antígeno CTLA-4 corado por ácido periódico de Schiff em biópsia de pâncreas,
na cirrose hepática, com a visualização em microscopia de imunofluorescência de nódulos de fibrose contendo linfócitos B marcados.
do câncer de mama, cujo teste positivo para a proteína HER-2 indica o tipo de quimioterapia a ser utilizada.