O PCMSO não deve incluir somente a avaliação individual (clínica) do trabalhador, mas também uma abordagem coletiva (epidemiológica) que propicia a avaliação da população de trabalhadores da empresa, alvo das suas ações.

Ao contrário do PPRA (NR9), que deve ser elaborado por estabelecimento, o PCMSO pode ser elaborado por empresa, ainda que esta possua mais de um estabelecimento.

O PCMSO deverá ter caráter de prevenção, rastreamento e diagnóstico precoce dos agravos à saúde relacionados ao trabalho, inclusive de natureza subclínica, além da constatação da existência de casos de doenças profissionais ou danos irreversíveis à saúde dos trabalhadores.

Todos os empregadores e instituições que admitam trabalhadores como empregados celetistas devem elaborar e implementar o Programa de Controle Médico de Saúde Ocupacional, conforme a quantidade de trabalhadores e do grau de risco da empresa.