Deve-se verificar se o rotor adequado está sendo utilizado, se está devidamente preso e equilibrar a carga no rotor, uma vez que cada tubo necessita de um tubo de equilíbrio no compartimento ao lado, com o mesmo volume de fluido.

Essa técnica não permite a separação de líquidos imiscíveis e não se aplica à separação de insolúveis que tendem a flotar no líquido no qual se encontram.

Muitas centrífugas trabalham sob vácuo e são refrigeradas para reduzir o aquecimento causado pelo atrito com o ar. Os rotores são produzidos com metais leves para reduzir a energia necessária a fim de manter a velocidade e facilitar sua refrigeração.

Como as centrífugas possuem muitas formas e tamanhos, e os rotores podem variar bastante, a unidade universal de centrifugação é a força centrífuga.

Durante a desaceleração da centrífuga, a tampa já pode ser aberta para equilibrar as pressões interna e externa e evitar a formação de aerossóis.