A autoridade militar não poderá mandar arquivar autos de inquérito, embora conclusivo da inexistência de crime ou de inimputabilidade do indiciado.

O encarregado do inquérito poderá manter incomunicável o indiciado, que estiver legalmente preso, por três dias no máximo.

A testemunha não será inquirida por mais de quatro horas consecutivas, sendo-lhe obrigatório o descanso de meia hora, sempre que tiver de prestar declarações além daquele termo. O depoimento que não ficar concluído às dezenove horas será encerrado, para prosseguir no dia seguinte, em hora determinada pelo encarregado do inquérito.

O inquérito deverá terminar dentro em vinte dias, se o indiciado estiver preso, contado esse prazo a partir do dia em que se executar a ordem de prisão; ou no prazo de quarenta dias, quando o indiciado estiver solto, contados a partir da data em que se instaurar o inquérito. Este último prazo poderá ser prorrogado por mais vinte dias pela autoridade militar superior, desde que não estejam concluídos exames ou perícias já iniciados, ou haja necessidade de diligência, indispensáveis à elucidação do fato.

Se houver divergência entre a legislação especial militar e as convenções ou tratados de que o Brasil seja signatário, deverão ser utilizadas as normas do código de processo penal comum.

Admitir-se-á a interpretação extensiva ou a interpretação restritiva, quando for manifesto, no primeiro caso, que a expressão da lei é mais ampla e, no segundo, que é mais estrita, do que sua intenção.

As normas do Código de Processo Penal Militar terão validade a partir da sua vigência, exceto nos processos pendentes, sem prejuízo da validade dos atos realizados sob a vigência da lei anterior.

Os casos omissos no Código de Processo Penal Militar serão supridos: pela legislação de processo penal comum, quando aplicável ao caso concreto e sem prejuízo da índole do processo penal militar; pela jurisprudência; pelos usos e costumes militares; pelos princípios gerais de Direito; pela analogia.

Em caso de falta grave, o condenado perderá até a metade do tempo remido, recomeçando a contagem a partir da data da infração disciplinar, de acordo com as disposições da Lei de Execuções Penais (Lei 7.210/84).

Tratando-se de condutas tipificadas como crime de tráfico de entorpecentes, o funcionário público ou militar, não poderão ser afastados de suas atividades, nem mesmo como medida cautelar, antes de eventual condenação, de acordo com a Lei 11.343/06.

É vedada a aplicação, nos casos de violência doméstica e familiar contra a mulher, de penas de cesta básica ou outras de prestação pecuniária, bem como a substituição de pena que implique o pagamento isolado de multa, de acordo com a Lei 11.340/06.

Decorrido o prazo de quinze dias de detenção, o preso deverá ser posto imediatamente em liberdade, salvo se já tiver sido decretada sua prisão preventiva. Os presos temporários deverão permanecer, obrigatoriamente, separados dos demais detentos, conforme a Lei 7.960/89.

Caberá recurso, no sentido estrito, da decisão, despacho ou sentença que julgar procedentes as exceções, salvo a de suspeição.

Quando for unânime a decisão de segunda instância, desfavorável ao réu admitem-se embargos infringentes e de nulidade, que poderão ser opostos dentro de 10 (dez) dias, a contar da publicação de acórdão. Se o desacordo for total, os embargos serão restritos à matéria objeto de divergência.

Caberá apelação no prazo de 5 (cinco) dias das decisões do Tribunal do Júri, quando ocorrer nulidade posterior à pronúncia.

A revisão dos processos findos será admitida quando a sentença condenatória se fundar em depoimentos, exames ou documentos comprovadamente falsos. Julgando procedente a revisão, o tribunal poderá alterar a classificação da infração, absolver o réu, modificar a pena ou anular o processo. De qualquer maneira, não poderá ser agravada a pena imposta pela decisão revista.

Se a infração for afiançável, a falta de exibição do mandado não obstará à prisão, e o preso, em tal caso, será imediatamente apresentado ao juiz que tiver expedido o mandado.

O agente policial não poderá efetuar a prisão determinada no mandado de prisão registrado no Conselho Nacional de Justiça, quando estiver fora da competência territorial do juiz que o expediu.

Os inferiores e praças de pré, onde for possível, serão recolhidos à prisão, em estabelecimentos militares, de acordo com os respectivos regulamentos.

Se o réu se livrar solto, deverá ser posto em liberdade imediatamente, mesmo antes de lavrado o auto de prisão em flagrante. Não será concedida fiança nos crimes cometidos por grupos armados, civis ou militares, contra a ordem constitucional e o Estado Democrático.