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A persistência de alterações no exame de imagem, uma semana após o início dos sintomas, requer obrigatória investigação adicional.
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As evidências atuais têm demonstrado que, por seus elevados valores preditivos positivo e negativo, o método de imagem de escolha na abordagem inicial de pacientes com suspeita de PAC é a tomografia computadorizada do tórax.
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Em pacientes com PAC, recomenda-se a realização de toracocentese quando, na radiografia de tórax, for constatado derrame pleural com nível superior a 5 cm (estimado a partir do recesso costofrênico posterior na projeção lateral, em pé).
São diferenças entre síndrome do desconforto respiratório agudo (SDRA) primária (pulmonar) e secundária (extrapulmonar): 
Em um paciente HIV positivo com sintomas respiratórios o diagnóstico de pneumocistose será considerado de baixa probabilidade na presença dos achados abaixo, EXCETO
