Apenas as autarquias podem, mediante iniciativa do advogado-geral da União, ser qualificadas como agências executivas, desde que possuam um plano estratégico de reestruturação e de desenvolvimento institucional que definam diretrizes, políticas e medidas voltadas para a racionalização de sua estrutura

A qualificação de uma entidade como agência reguladora é efetivada por meio de decreto do chefe do Poder Executivo, a partir do que deverá assinar contrato de gestão com o respectivo ministério ao qual é subordinada.

A agência executiva deve celebrar contrato de gestão com o respectivo ministério supervisor, com periodicidade mínima de um ano, no qual se estabelecerão os objetivos, metas e indicadores de desempenho da entidade, bem como os recursos necessários e os critérios e instrumentos para a avaliação do seu cumprimento.

Pela técnica da deslegalização, mediante a qual o próprio legislador retirou certas matérias do domínio da lei, as agências reguladoras podem editar atos normativos dotados de conteúdo técnico que disciplinem matérias que deveriam ser reguladas por lei ordinária e por lei complementar, desde que expressamente autorizadas pela legislação pertinente.

As agências reguladoras são autarquias com regime jurídico especial, dotadas de autonomia em relação ao ente central, razão pela qual não se admite a interposição de recurso hierárquico impróprio contra suas decisões nem a demissão de seus dirigentes, salvo mediante sentença transitada em julgado.