A Agência de Vigilância Sanitária será dirigida por uma Diretoria Colegiada, devendo contar, também, com um Procurador, um Corregedor e um Ouvidor. Além disso, a Agência contará, ainda, com um Conselho Consultivo, formado por membros de diferentes categorias, órgãos e instituições, entre os quais, de acordo com a lei que define o Sistema Nacional de Vigilância Sanitária, estão os representantes: