A principal causa da desigualdade educacional é a desigualdade de recursos financeiros entre municípios, estados e, antes disto, escolas que apresentam condições de qualidade muito distintas entre si.

O atendimento educacional às pessoas com deficiência ainda está aquém do atendimento às demais pessoas, porque não há escolas ou instituições especializadas suficientemente para atender à demanda.

Os preconceitos de classe social e de raça/cor ainda são muito fortes e impactam os resultados educacionais, mostrando uma face marcante da desigualdade educacional no país.

As mudanças econômicas e seu impacto sobre a organização da educação têm promovido a diminuição das desigualdades educacionais.

As formas de organização da escola, bem como a postura dos docentes com relação aos alunos reflete no fracasso ou sucesso escolar, mas a forma de organização do sistema de ensino tem impacto mais elevado sobre os desempenhos estudantis.