Órgão Especial do Colégio de Procuradores de Justiça do Estado de Santa Catarina será composto pelo Procurador-Geral de Justiça, que o presidirá, pelo Corregedor-Geral do Ministério Público e, ainda, por 22 (vinte e dois) Procuradores de Justiça eleitos por voto direto, obrigatório, secreto e plurinominal dos integrantes do Colégio de Procuradores de Justiça.

O Procurador-Geral poderá, por ato excepcional e fundamentado, exercer as funções processuais afetas a outro membro da instituição, submetendo sua decisão previamente ao Conselho Superior do Ministério Público.

O Conselho Superior de cada Ministério Público terá como membros natos apenas o Procurador-Geral de Justiça e o Corregedor-Geral do Ministério Público.

No Ministério Público de Santa Catarina a apuração das infrações disciplinares praticadas pelos seus membros será feita mediante sindicância quando cabíveis as penas de advertência e de censura; processo administrativo sumário quando cabíveis as penas de suspensão inferior a quarenta e cinco dias; e, processo administrativo ordinário quando cabíveis as penas de suspensão de quarenta e cinco a noventa dias, de cassação da disponibilidade ou da aposentadoria e de demissão.

De acordo com a Lei Orgânica do Ministério Público de Santa Catarina, os afastamentos dos membros do Ministério Público para tratamento de saúde, por motivo de doença em pessoa da família, à gestante, paternidade, adoção, entre outros casos previstos em lei, somente ocorrerão após a expedição do competente ato do Procurador-Geral de Justiça.