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A ulceração idiopática do HIV é um importante diagnóstico diferencial da esofagite por citomegalovírus.
A esofagite por Candida albicans acomete preferencialmente pacientes com AIDS, pacientes transplantados e pacientes com doenças hematológicas, mas pode ocasionalmente ocorrer em pacientes imunocompetentes, sendo a terapia crônica com inibidores de bomba de prótons um fator predisponente.
A presença de estrias longitudinais e grumos brancos na superfície esofágica e a atenuação do padrão vascular são sinais endoscópicos de esofagite eosinofílica.
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Na doença de Crohn, entre os órgãos do aparelho digestivo, o menos afetado é o esôfago. As úlceras lineares, as aftoides ou nodosidades da mucosa são achados comuns. O aspecto típico em pedra de calçamento não é observado. Podem ser encontradas, nos casos mais graves, fístulas para qualquer localização do mediastino ou estenoses do esôfago.
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Os achados iniciais da técnica de POEM (perioral endoscopy miotomy) relatados mostram resultados semelhantes à miotomia preconizada por Heller, quando analisado o escore de disfagia de Eckhardt, porém com maior incidência de refluxo.